Existen pocos datos acerca de los grupos agrupados bajo la denominación de "chonos", según la definición acuñada por John Cooper en 1917 y seguida por autores posteriores. Los testimonios de los exploradores y sacerdotes de la época colonial hablan de diferentes "naciones" que poblaban el territorio de los canales, pero no existe certeza del número real o características distintivas de estos grupos.
Los vestigios de poblamiento humano encontrados en la zona de los canales patagónicos tienen una antigüedad de hasta 7500 años en la isla Navarino y de unos 6100 años en el norte de la isla de Chiloé,3 extremos que no estaban habitados por los chonos en tiempos históricos. Los investigadores no han llegado a un consenso sobre la dirección que siguió el poblamiento y el modo en que ocurrió la adaptación a la vida marítima.
Para mediados del siglo XVI, el área norte de Chiloé estaba poblada por un pueblo horticultor y pescador de lengua mapuche y que en la historiografía es conocido como huilliche o cunco y de quienes se cree que habían arribado a la zona desde el continente unos siglos antes; al sur de estos, en la costa suroriental de Chiloé, estaban los llamados payos, posiblemente canoeros aculturados por los anteriores y en parte desplazados hacia el sur. En las islas Guaitecas y el archipiélago de los Chonos, entre los 44º y los 48º S, vivían los grupos conocidos en la época colonial, que se desplazaban de forma continua por el territorio y vivían de la caza y la recolección, además de practicar en ocasiones el cultivo incipiente de papas. En la parte sur de esta zona, pasada la península de Taitao, había otros grupos, conocidos bajo diferentes nombres por los cronistas, que para Cooper pueden considerarse también "chonos" ante lo incierto de sus características y la semejanza de sus modos de vida.
Los conquistadores españoles comenzaron a explorar la zona de los canales en la década de 1550 y la primera expedición en entrar en contacto con los indígenas del área fue la de Francisco de Ulloa en 1553, durante su viaje al estrecho de Magallanes. En la crónica de su expedición se señala que arribaron a un archipiélago llamado de los Chonos y que más al sur tuvieron un enfrentamiento con los nativos.4
En 1557 una expedición española al mando de Juan Ladrillero viajó hacia el estrecho de Magallanes y la crónica de la travesía incluye descripciones de los indígenas de los canales, a quienes se identifica con el nombre de "huillis".5
Durante la segunda mitad del siglo XVI se inició la conquista de Chiloé y los conquistadores recibieron tierras e indígenas enencomienda, una de las cuales incluía a los indígenas "guaitecos". Sin embargo, se supone que estas asignaciones no pudieron hacerse efectivas porque era difícil llegar a los lugares donde residían estos indígenas.6
La primera mención que se conoce de los chonos bajo ese nombre data de 1609, cuando el sacerdote jesuita Juan Bautista Ferrufino se refiere al archipiélago de Chonos y relata que hizo un catecismo en la lengua de estos indígenas, que de acuerdo a su parecer era muy distinta y màs difícil que el mapudungun de los huilliches.4
